В целом это все еще некая продвинутая "лапша", тоесть код в перемешку с выводом и обращением к базе и вкраплениями ооп.
Попробуйте почитать
www.php-fig.org/psr/psr-1 - это общепринятые стандарты, в частности там рекомендуется не смешивать в одном файле обьявления функций/классов, их применения, подгрузку и вывод данных. Там же даны рекомендации об именовании (тот же кемелкейс и т.д.)
Для примера можно посмотреть как другие учились. Вот неплохой образец на который я как то наткнулся
https://bitbucket.org/e_svirsky/webshop/src/1e8de2...
это как бы обучающее задание, но пройдясь по нему возможно станет понятнее.
Потом можно посмотреть какое нибудь простое приложение, например вот недавно натолкнулся и рассматривал такой вариант
https://github.com/semaster/2FAuth-Steganography - на этом примере будет понятней как использовать mvc, обьекты, автозагрузку