SeokkyN

Чёрт, как всегда. Написал вопрос, и тут же понял в чем дело.

var target = $('.small');
    var targetPos = target.offset().top;
    var winHeight = $(window).height();
    var scrollToElem = targetPos - winHeight;
    $(window).scroll(function(){
        var winScrollTop = $(this).scrollTop();
        if(winScrollTop > scrollToElem){
            stopper.hide();
            $('html,body').stop();
        }
});

Вот в этом куске кода предпоследняя строка блочит работу ссылки. При каждом нажатии происходит скролл где-то на 1px вверх, а когда вот это if(winScrollTop > scrollToElem) условие становится ложным (кликов через 20), тогда кнопка скроллит к самому верху страницы. Осталось придумать, как справиться с этим, но это уже не такой неясный вопрос.