бился с этой задачей 4 часа сегодня и до этого еще столько же, так и не вышло сделать для категорий по вашей схеме, для тех у кого тоже не вышло, я все таки нашел решение (
https://saitsozdanie.ru/bitrix/kak-ubrat-dubli-str...) - выводит canonical сразу на всех страницах, кому может пригодится, а если интернет-магазин и дублируются карточки товаров, то вообще есть решение из коробки и программирование знать не надо
https://saitsozdanie.ru/bitrix/canonical-v-bitriks.html 
