В общем, пришлось перед сборкой в файле scripts/package/mkspec закомментить строчки:
echo "%post devel"
echo "ln -s /usr/src/kernels/$KERNELRELEASE /lib/modules/$KERNELRELEASE/build"
echo "ln -s /usr/src/kernels/$KERNELRELEASE /lib/modules/$KERNELRELEASE/source"
echo "%exclude /lib/modules/$KERNELRELEASE/build"
echo "%exclude /lib/modules/$KERNELRELEASE/source"
После чего пакет собрался.