Здравствуйте,
1. Отключаете физически диск с линуксом
2. Устанавливаете виндовс на новый диск(желательно обновить до последней версии, у меня как то grub после обновления виндовс слетал, но возможно не в этом была причина ).
3. После установки виндовс подключаете диск с линуксом, и в настройках BIOS указываете загрузку с него.
4. после загрузки линукса обновляете груб, чтобы не лазить в BIOS для загрузки другой ОС.
5. груб может не увидеть виндовс если разметка диска например у виндовс будет GPT (UEFI) а у линукса как MBR (возможно названия указал неправильно)