Можно ли как то подключить свое облако?
Нет.
или развернуть что-то на нашем сервере для хранения данных вместо облака microsoft
Да. Поднимаете у себя в компании Sharepoint. Подключаете OneDrive к рабочей области шарепоинта локального и работаете. Это если коротко.
