Какие уязвимости есть у веб-сервера?

Ну как я понял веб-сервер это лишь часть веб-приложения.
Вы имеете ввиду что эти уязвимости несут угрозу всему приложению?

Как правильно перенести в проект код из JQuery?

Но он мне пишет такую ошибку в IDE (я использую PHPStorm).
Разве принудительный режим браузера играет роль если я ещё даже не открыл ничего в нем?