Sanan Yuzb

Поставь отступы для каждого ряда.

Используйте .container-fluid

Посмотрите может поможет тут

Делаете по-отдельности

li.active:hover a {
    color: #fff;
}

li.active:hover  {
   background: #d0d1d4;
}

Для div

display: flex;
justify-content: center;
align-items: center;

Может сделать высоты всех из-ий одинаковыми?

margin - это растояние между элементами
padding - это расстояние между содержимым и рамками
Ответ на ваш вопрос: вне зависимости есть или нет рамок, для задания отступов между элементами используйте margin