wiredep берет файлы bower, которые указаны в зависимостях. Для начала надо убедиться, есть ли эти зависимости в bower.json, т.е. все ли плагины bower вы устанавливали с параметром --save. Если нет и самого файла bower.json, то запустите команду bower init и он появится
