похоже разобрался
проблема в bcache — слил базу на чистый SSD и всё полетело.
очень странно
%iowait остался примерно такой же — 5.4
может у bcache проблемы с многопоточным доступом, т.к. в синтетике всё шоколадно.
в любом случае вопрос закрыт, MySQL не виноват :)
