Если приложение для генерации кодов не сливает данные налево - то бояться нечего. Google Authenticator не сливает, иначе это быстро обнаружили бы и трубили из каждого чайника.
Но некоторые другие приложения хранят данные на сервере или синхронизируют их на свой сервер (ради синхронизации между несколькими устройствами или удобства восстановления в случае утери) - в таком случае, конечно, утечки могут быть.
