Если нагрузка ожидается небольшой - то хватит и SQLite.
Немного придется разобраться с настройкой для многопоточного режима, но ничего сложного в этом нет.
Если же нагрузка будет высокой, то лучше MySQL или PostgreSQL.
Для HDD диска с SQLite я добивался 30 тестовых операций в секунду (для SSD - 1000).
В одной тестовой операции был 1 select, 1 update и 1 insert запрос.
Примерно столько же раз в секунду в среднем посещают хабр (если смотреть недельную статистику и без учета пиков).
Для администрирования SQLite есть adminer (аналог phpMyAdmin).
В свое время остановил выбор на Feng Office.
Вместо wiki там работа с документами, вместо багтрекера — задачи.
Теймтрекер есть.
А вот на счет интеграции с svn/git — не знаю, в стандартной поставке нет.
При выборе основным критерием была многоуровневая постановка задач и PHP.
На сколько знаю, NetBeans при работе с PHPUnit позволяет это делать (xDebug тоже нужен).
Недавно на Хабре статья проскакивала, но что-то найти не могу.
Вот ссылка на официальную документацию.
