В моём случае, оказалось, что корневой раздел был забит под завязку логом в syslog на 91ГБ:
ls -la | grep syslog.1
-rw-r----- 1 messagebus adm 91714285568 Nov 6 00:26
в логе были сообщения такого рода:
Nov 1 23:04:17 mini gnome-shell[1027]: The offending signal was g-signal on GDBusProxy 0x55eba883cbe0.
Nov 1 23:04:17 mini gnome-shell[1027]: Attempting to call back into JSAPI during the sweeping phase of GC. This is most likely caused by not destroying a Clutter actor or Gtk+ widg
et with ::destroy signals connected, but can also be caused by using the destroy(), dispose(), or remove() vfuncs. Because it would crash the application, it has been blocked and th
e JS callback not invoked.
После удаления файла, система нормально загрузилась, при этом сообщение в dmesg осталось.
