Итого решил следующим образом:
1) Конфигурация приложений у меня через переменные окружения - вынес в файл services.env
2) В отдельный репозиторий положил эталонный docker-compose.yml, в нем указал для сервисов параметр `env_file`
3) Настроил деплой в TeamCity через SSH - копирование по scp, пулл новых образов и перезапуск сервисов
Доп информация
Environment variables in Compose