Разумеется, можно писать и так, как Вы предлагаете: всё создавать в коде, а управлять только одним объектом. Наверное, для каких-то случаев это будет разумным решением (я не знаю, какая у Вас задача). Для Вашего случая можно заранее создать объекты, сохранить их в префабах (это очень просто), и затем из кода создавать необходимое количество объектов и делать с ними всё, что угодно. В любом случае, объект, созданный из префаба (например, методом Instantiate) будет иметь минимальный набор механизмов для манипуляций с ним. Как минимум, любой объект имеет компонент Transform. Также из кода к любому объекту можно прикреплять в процессе различные другие компоненты (и также отцеплять при необходимости). Всё это возможно. Главное, важно понимать - действительно ли оправдан такой подход. Если Вы считаете, что так в данном случае будет в чём-то эффективнее, то нет проблем...
