SMax30033

Использовать e.stopPropagation() — плохая идея. Читайте

Правильный способ — проверять, является ли target сделанного клика элементом меню или чем-то другим. Если это не меню — закрывать меню.

Появляется правильный вопрос, что делать, если кликнутый элемент — дочерний элемент меню? Для этого есть офигенный метод node.contains()

Собственно, вся требуемая проверка получается совсем несложная — gist

var el = document.getElementById('el');

document.addEventListener('click', outsideEvtListener);

function outsideEvtListener(evt) {
    if (evt.target === el || el.contains(evt.target)) {
        // клик внутри
        return;
    }
    // код для закрытия меню, например el.classList.add('hidden')
   
    // не забыть убрать слушатель событий (не для каждой имплементации требуется)
    document.removeEventListener(outsideEvtListener);
}