Наверное единственный способ — это заключить договор (естественно нотариально заверенный) между всеми участниками, в котором четко обговорить процент от выручки, и что таковой является… а в рамках ООО, ИП или ЗАО — это лишь детали, к примеру с налогообложением.
можно еще совместно получить свидетельство на программу для ЭВМ для пущей важности, но это стоит денег уже дополнительных…