Плюсы:
Нет отчислений от работодателя, отсюда возможно более выгодное сотрудничество в финансовом плане для обеих сторон.
По ТК, как писали выше, много всяких бюрократических издержек. Как правило стартапы или недолгосрочное сотрудничество на проект для работодателя - это сделать некий продукт за N-ое кол-во времени и разойтись. Поэтому смысла оформлять по ТК разработчиков нет никакого - это лишние накладные расходы.
Минусы очевидны: работодатель за вас не отвечает, поэтому нет ни больничных, ни отпусков, в трудовую вам ничего не пишется. Конечная прибыль до отчислений для вас может быть ниже, хотя после отчислений может быть выше.