Мое мнение, что всю разработку (мастер) нужно вести в одно ветке.
Различие в функциональности поддерживать на уровне конфига ПО или при сборке.
В разных проектах у нас были реализованы оба подхода — какой из них предпочтительней — решайте сами, в качестве критерия мы выбрали следующее:
Если код распространяется с исходным кодом, который жалко отдавать, то используем на уровне сборки ПО «уровне сборки».
Как это работало:
* запускали конфигуратор с подключаемыми модулями, который вычищал из софта «все лишнее»
* потом запускали сборщик
* клиенту передавали, то что осталось

Если исходный код не жалко (или нет боязни, что через конфиг включат что-то лишнее), то проще встроить все в полное ПО. Т.е. распространять максимально полную версию.

Отдельный случай — когда требуется в одних и тех же ситуациях схожее поведение, но со своими особенностями. Для иллюстрации приведу бестолковый пример, но, надеюсь наглядный:
Нам нужно внести информацию об ответственном лице в компании. В варианте А) от нас требуют все размещать в одном поле в произвольном формате, потому что им так удобней, а в вариаанте Б) от нас требуют все разносить по разным полям: ФИО — отдельно, телефон — отдельно, email — отдельно и т.п.

В этом случае было бы неплохо и то и другое реализовать и сделать в кофигураторе переключатель, как описано в ответе выше: Branch By Abstraction — т.е. попытаться абстрагировать некоторое поведение и пользоваться и облегчить себе подключение требуемого модуля.