А каков сценарий пропадания файлов? Случайно удалили, или навернулась, к примеру, таблица разделов? Какая ФС?
www.ubuntu-unleashed.com/2008/04/howtorecover-and-undelete-text-file-in.html
help.ubuntu.com/community/DataRecovery
Там, помимо прочего, рекомендуют foremost.
Вторую ссылку особенно рекомендую, там исчерпывающе полный список инструкций. Если уж совсем ничего не поможет — возьмите HirensBootCD, там добра для восстановления — завались.