Вы монтируете диск через nautilius, он в свою очередь через gvfs, точка монтирования у него гдето типа /run/user/username/gvfs или в похожем месте, давно не пользовался и не помню точно где еще может быть.
Либо тыкайте носом qBittorrent в это место, но предварительно не забудьте через nautilius смонтировать диск.
Либо более правильный вариант смонтируйте самба шару через fstab в фиксированное место, ну как пример /samba/myshare4torrent.
Ну и как сказали выше в qBittorrent пропишите путь по умолчанию в это место.
Отдельно добавлю что для шары в линуксах лучше использовать NFS, он быстрее будет, нативный и проще в настройках и управлении. Windows кстати тоже умеет к NFS шарам подключаться но скорости\нагрузки не мерил.
