Вероятнее всего там не никакой магии.
Просто файловый менеджер итерирует файлы имеющиеся в директории, извлекает для каждого размер файла и далее складывает получившиеся значения.
Если в файловый менеджер не зашита отдельная логика обрабатывающая ссылки, то он будет каждую ссылку считать отдельным файлом и соответственно преувеличивать суммарный размер файлов.