RoverWhite

Как минимум упоминается переменная $user которой нет в скрипте.
Помимо обычных прав на запись в папку может применяться расширенная система прав SELinux которая может блокировать запись.

Очевидно потому что при таком синтаксисе запроса, вот эта часть
SELECT COUNT(`statistic`.`id`) FROM `statistic` WHERE `statistic`.`pid` = `products`.`id`
будет выполняться 10000 раз
Вот так должно быть быстрее
UPDATE `products` p
INNER JOIN (SELECT COUNT(*) as cnt, `statistic`.`pid` FROM `statistic` GROUP BY `statistic`.`pid`) as sta ON p.`id` = sta.`pid`
SET p.`statistic` = sta.`cnt`

select u.* ,
ifnull(c.cnt, 0) as entry_count
from users u
left join (select count(*) as cnt, o.user_id from objektos o GROUP BY user_id) as c ON u.id = c.user_id
order by u.id desc