Rootname2

Пишут на чем угодно. Смотря куда и каким образом внедряться.
сейчас популярны c, c++, .net, js.

Чтобы писать вирус, нужно знать не столько язык, сколько архитектуру и принципы работы операционки и ПО, в которое собираетесь внедряться.