Для небольшого магазина - вполне пойдет. Выбираете дистриб (хотите чтобы быстро - берите бубунту, хотите знаний - берите дебиан, хотите глубоких знаний - берите генту), ставите. В процессе установки подтянется множество вопросов, тем более что безопасность сервера Вам самим обеспечивать.
Вряд ли все взлетит с первого захода, особенно если взяли что-то кроме бубунты. Ну так Вас и не гонит никто - снесли, поставили, снесли, поставили...
