по мне так каждая команда должна решать как ей удобнее по текущему проекту и соответственно текущей фазе проекта. Иногда удобнее заносить отдельные баги если вторая половина разработки большого эпика, иногда удобнее комментарии в стори (если мало багов и сторя простая), иногда удобнее просто в электронный документ (когда разработка только в начале-середине и много чего не работает)