Roman1290

Получилось сделать.
Так как у нас есть уникальный ID, то сделали следующим образом:

Отлавливаем все input с одинаковым name и присваиваем им уникальные значения:

var o = new Object();
 $(this).find('input, textarea').each(function () {
	 if ($(this).attr('name') == 'FOTO[]') {
		o['PASSPORT_'+$(this).attr('id')] = $(this).val();
	 }
	 else {
		o[$(this).attr('name')] = $(this).val();
	 }
  });

А потом уже объединяем эти данные в массив по маске, перебирая наш $_POST в php-файле:

$result = [];
$i = 0;
foreach($_POST as $k => $v){
    if(preg_match("/^PASSPORT_file-doc\d+$/", $k)){
        $result[$i] = $v;
		$i++;
    }
}
$_POST['FOTO'] = $result;