Rokugo

Заработало после того, как поменял интерпретатор с баша на шелл. Видимо, в случае с freeBSD, возможен только такой вариант.

Разобрался, надо было маркировать входящие соединения, проблему решил через добавление трёх правил в мангл:
chain=prerouting action=mark-connection new-connection-mark=pppoe-inc
passthrough=no in-interface=PPPoE-wan log=no log-prefix=""

chain=prerouting action=mark-routing new-routing-mark=pppoe-wan
passthrough=no connection-mark=pppoe-inc log=no log-prefix=""

chain=output action=mark-routing new-routing-mark=pppoe-wan passthrough=no
connection-mark=pppoe-inc log=no log-prefix=""