Можете же сделать как в Квейке они просто указали, что права на саму игру принадлежат ID, а на некоторые части движка (например, ZIP алгоритм) — их разработчикам.
Зависит от лицензии используемых программ. Если LGPL, то просто динамически линкуете, а в папку с программой файл с лицензией LGPL. Если BSD или MIT, то можно даже присвоить вроде.
