Регина Хайруллина

Правильно:
1) перенаправить все урлы на индекс(создать единую точку входа)
2) в индексе подключить роутер
3) в роутере обрабатывать урл(например разбить по слэшам и смотреть что у вас получилось)
как самый простой вариант - там же в роутере сделать массив соответствий урлов подключаемым модулям и проверять есть ли такой ключевой урл в списке и что подключить в этом случае.
4) Profit

Неверно:
1) Использовать .htaccess для подключения отдельных файлов, в остальном свалить все в кучу файликов "как есть"
2) В каждой папке вставить свой index.php и рулить из него всеми левыми движениями
3) Прочие извращения в ассортименте

header.php

if (isset($_POST['city'])) {
    echo $_POST['city'];
    exit();
}

HTML
<span id="change_city">Send AJAX-request</span>

JS

$('#change_city').on('click', function() {
    var city = 'Moscow';
    $.ajax({
        url: 'header.php',
        type: 'POST',
        data: {
            city: city
        },
        dataType: 'html',
        success: function(data) {
            $('body').html(data); /* выведет Moscow на странице */
        }
    });
});