где хранить данные javafx-приложения на клиенте?

Использовал обе. На Debian ставятся без бубна, на Fedor'е только neo ставил. Из коробки присутствует вебинтерфейс на обоих, а поиграть можно и с веба, и с консоли.
Под java обе базы показали себя замечательно