Сергей Петриков

Вы както криво перегоняете, при этом порится кодировка, попробуйте так:

<?php
$host = 'localhost';
$log = 'login';
$pass = 'PASSWORD';
$db = 'DBNAME';

mysql_connect($host,$log,$pass);
mysql_select_db($db);
$q = mysql_query("SHOW TABLES");
while ($table = mysql_fetch_array($q))
{
        mysql_query("ALTER TABLE `".$table['Tables_in_'.$db]."` ENGINE = InnoDB");
}
?>

Во первых при возможности конвертироваться в Innodb (XtraDB) дальше интересней, включаете опцию innodb_file_per_table, затем настраиваете партицирование (partitioning) своих таблиц по месяцам итого за каждый месяц получаем отдельный набор файлов в базе, дальше есть варианты, можно создать раздел в tmpfs при старте загонять туда нужные партиции и линковать в директорию базы (очень не безопасно, нужно думать над костылем периодического сброса данных на диск), лично я проделывал похожий финт ушами, но не на одном сервере а на нескольких причем на основном база жила в хорошем рейде с кашкадированием, а вот на слейве в ридонли создавался такой раздел в ram и туда загонялась нужная часть базы, движок читал из слейва, но писал в мастер, там особенность нагрузок была 95R/5W. В вашем случае нужен серьезный архитектор - это не вопрос для тостера, очень много нюансов нужно учитывать.

Для общего понимания неплохо начать с этой, не смотря на название есть обзор многих типов баз, а там уже подробно курить что не понятно.