Если ванговать, дисковую подсистему у вас местами плющит, по симптомам похоже, ну и красный график нижнего скрина - подтверждает. Проверьте состояние рейда, если ОК, смотреть что в это время диск грузит, может ротация логов какая, кеш кто-то на диск сбрасывает или еще что-то.