Для расчета стоимости доставки я бы на вашем месте создал бы плагин. Копайте в сторону создания дочернего класса для класса WC_Shipping_Method и переопределения его метода calculate_shipping в соответствии с вашей логикой расчетов стоимости доставки.
Пример кода:
class YouShippingClass extends \WC_Shipping_Method
{
final public function calculate_shipping($package = array())
{
//проверка того, что сумма больше 6500 руб - доставка нулевая
global $woocommerce;
$cart_products = $woocommerce->cart->get_cart();
if($woocommerce->cart->cart_contents_total + $woocommerce->cart->tax_total > 6500)
{
$this->addRate($this->get_rate_id(), 'Доставка EMS', 0);
}
return false;
}