1. Делаете дамп базы.
2. Включаете query log базы данных.
3. При каждом изменении лога (или в определенные промежутки времени) делаете коммиты.
4. Периодически делаете новый дамп базы, очищаете лог и коммитите это.
Для восстановления к определенному состоянию:
1. Восстанавливаете через систему контроля версий все файлы, включая дамп и лог.
2. Загружаете дамп в базу.
3. Выполняете query log.
В итоге база приводится к состоянию на нужный момент.