Сначала надо выбрать предустановки "Минимальный размер", "Высококачественная печать" (на принтере) или "Полиграфическое качество"
Потом указать выход за обрез - как в документе (3 или 5 мм) или по нулям везде
Остальные настройки я почти никогда не трогаю
Стратегия включения профиля стоит по умолчанию "Не включать профили" - лучше так и оставьте
Преобразование цветов - в Целевое пространство (сохранить значения) - такая настройка переведет всё в CMYK в стиле "Полиграфическое качество", но на печати искажения цветов не будет
Не исказились ли цвета, может проверить, открыв Acrobat Reader и проверить файл визуально хотя бы
Если нужно досконально проверить - можете открыть в Illustrator или Photoshop и замерить пипеткой цвета, убедившись, что они не изменились
