Что сделать, чтобы подключить cerbot, если на сервере несколько доменов с разными путями к корням сайтов?

А можно конкретнее?

На данный момент у меня в /etc/nginx/bx/conf/ssl.conf прописаны следующие строки

ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/example.ru/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/example.ru/privkey.pem;