Множество региональных поддоменов наверное сразу одним махом создали… контент не особо ценный (с точки зрения Яндекса), ссылок из регионов на поддомены нет, поведенческой активности живых людей тоже нет. В идеале, нужно было по одному поддомену подымать, по очереди.
Сейчас я бы эксперимент сделал - выбрал один перспективный регион, закупил бы на поддомен контекстной рекламы строго из этого региона + купил бы пару-тройку новостных размещений на мощных региональных новостниках типа «в нашем городе запустился такой новый, прекрасный магазин» со ссылками на ваш поддомен и через 4-6 недель делал выводы, можно ли таким же способом все остальные поддомены подымать или отказаться от этой идеи вообще. И перестроить структуру сайта - региональные разделы сделать в подпапках основного домена
