Вопрос решен.
Смог какое как наладить доступы для удаления файлов.
Правда удалять директории приходиться не с помощь shutil.rmtree(path_dir_file) напрямую, а сначала чистить директорию, и после этого удалять, т.к. начала возникать ошибка о том что директорию удалить не удается, но при этом она удалялась. Связано это я так понял было с тем что скрипт удаляет данные, но информация о удалении слишком долго обновляется на hdd, в итоге python думает что удалить ничего не вышло, но фактически директория была удалена.
Решил это вот таким образом.

for root, dirs, files in os.walk(path_dir_file, topdown=False):
            for file in files:
                try:
                    os.unlink(file)
                    os.sync()  # синхронизируем
                except OSError as e:
                    if not os.path.exists(file):  # проверяем удален ли файл
                        continue
                    raise
            shutil.rmtree(path_dir_file) # только теперь удаляем директорию

Для HDD в /etc/fstab пришлось указать такие параметры

UUID=UUID-HDD /mnt/sdb1 ntfs rw,sync,noatime,relatime,uid=UUID-AIRFLOW,gid=UUID-AIRFLOW,force,dmask=002,fmask=113,nofail 0 0

до этого была эта же настройка, но с ntfs-3g и с ней почему то не работало вообще ни как.

Слегка подправил некоторые ошибки в виде кавычек и названий методов.
А что именно бот то должен делать?
Если отвечать тем же сообщением пользователю, то вот, попробуй такой вариант:

import telebot

bot = telebot.TeleBot("TOKEN" )
@bot.message_handler(content_types=['text'])

def send_echo(message):
	bot.send_message(message.chat.id, message.text)

bot.polling(none_stop=True)