Наверное никак, да собственно это и есть самое верное поведение. Если Вам нужно кликать и не переносить акцент на всплывающее модальное окно, то вам лучше не использовать UIAlertController, а сделать своё модальное окно, с блекджеком и ... ну вы поняли
Хотя модальное окно вам все равно не даст возможности кликать на элементы другого окна под ним. Если Вам нужно кликать, то лучшим вариантом будет анимированный UIView. Изначально он hidden, по какому-либо событию он появляется. UIView как ещё один элемент вашего окна.
