Тут подходит лишь одна фраза: "Одно, другому не мешает".
в первом случае не понятно что вы хотите делать? настраивать плагины жумлы и на этом все?
во втором случае вы хотите изучать технологии и писать плагины для жумлы с нуля?
скажите как это между собой конфликтует? задачи то разные бывают...
вообще server side, вам грубо говоря нужно знать ещё до того как баловать жумлу, ибо на чем её поднимать-то собираетесь?