Одназначно вы подхватили трояна. У меня также было. После чего я поменял антивирус с Dr. Web на Avast и Avast нашел трояна, которого Dr. Web пропустил. После того как подличил систему сменил все пасы с ftp и восстановил сайты из бэкапов и больше такого не было. Так что проверяте систему на наличие злых лошадок :)

Для того, что бы ваши сервисы соответствовали лучшим практикам Symfony зависимости в них нужно передавать следующим способом:
- в конструкторе, для тех зависимостей без которых ваш сервис работать не будет, к примеру data source или что то подобное
- в сеттерах зависимости без которых ваш сервис будет работать, но будет не доступна какая то часть не основной функциональности, к примеру логирование
- ну и не нужно в качестве зависимостей передавать сам контейнер, некоторые разработчики грешат этим, особенно когда сервис имеет много зависимостей, если у вас возникает такая необходимость стоит разделить сервис на несколько более мелких самодостаточных сервисов с минимумом зависимостей