N T

В общем, все что касается PDF и ГОСТ, это сложно и очень-очень муторно. Я бы все делал в latex. А его генерировал бы из шаблона.

Что касается docx, то его тоже можно генерировать из шаблона. Рекомендую - https://github.com/elapouya/python-docx-template
Лучшего скорее всего ничего не найдете, ну если только на java и clojure - https://github.com/erdos/stencil :)

А еще лучше - налепить шаблонов ГОСТ и сверху по ним печатать, установив правильные отступы на страницы и междустрочный шаг!
И да, типографии сразу продают готовые листы шаблонов по ГОСТ.

ЗЫ. Какой же это гиморрой я вам скажу... Как же хорошо, что я этим больше не занимаюсь!
ЗЫЫ. И да - цифра 68 в ГОСТ 2.108-68 означает год выпуска сего опуса, когда компухтеров и текстовых процессоров и в помине не было!

Основная проблема здесь:

with open('merged.json', 'a+', encoding='utf-8') as hml:
    d = json.load(hml)

Пытаетесь открыть файл для добавления данных и одновременно считать из него.
Когда файл открывается "a+", указатель помещается в самый конец файла. Поэтому при считывании из него последующим json.load(hml) данных просто не будет (даже если файл что-то и содержит, т.к. указатель в самом конце). Поэтому и возвращается эта ошибка, что json некорректный.
Можно это поправить, если после открытия файла перемотать указатель в его начало, добавив перед json.load строку
hml.seek(0)
Но вообще в целом по структуре всего кода, лучше не пытаться с json файлами работать путем их дописывания.
Лучше
1. Сначала полностью считать исходный файл в свой список/словарь
2. Сделать изменения/дополнения именно в этом списке
3. В конце записать уже полные данные с нуля в файл .json
Тогда и ошибок будет меньше, и не понадобится изобретать костыли в виде replace("]", "")