Короче так:
echo /var/lib/docker/aufs/diff/$(cat /var/lib/docker/image/aufs/layerdb/mounts/$(docker inspect --format="{{.Id}}" 10.1.23-mariadb)/mount-id)/run/mysqld/mysqld.sock
и получаю прямой путь до сокета
пофиг, что он может меняться после пересоздания, т.к. это только для теста, да и если будет в реале такая конфигурация - my.cnf можно генерировать скриптом