HDD можно подключать и отключать на горячую. Это не приведет ни к каким проблемам, корме как к потере данных, если отключить во время записи данных. Отключение через диспетчер эту проблему решает.
Рекомендуется лишь подключать в первую очередь кабель данных, а затем питание, а при отключении отключать в первую очередь кабель питания, а затем данные.
На горячую позволительно отключать даже IDE устройства.
В RAID системах отключение/подключение "на горячую" - это вообще штатная операция.