Qai

chrom_seek_index[i,1]=(chrom_seek_index[i,1]+chrom_seek_index[i-1,1]+chrom_seek_index[i-1,0]+ceil(chrom_seek_index[i-1,0]/60)

Засунть в notepad++ и посмотри какие где скобки подсвечиваются, может тогда найдёшь ошибку

Ну насколько я прожевал эту тему, то происходит следующее:
super(MetaSingleton, cls) - определяется информация из объекта `type`, т.е. супер берёт информацию из родительского класса.
Дальше в __call__(*args, **kwargs) там уже передаётся то, что было передано в классе MetaSingleton, но так как это всё вызывается из Database, то посути получается так:

self.connection = sqlite3.connect("db.sqlite3")
self.cursorobj = self.connection.cursor()

connection, cursorobj прокидываются в качестве *args

И в конце этот объект, который создался помещается в
cls._instances[cls]

я так понял