Это может тормозить, если записей в таблице shown_table у одного пользователя будут десятки или сотни тысяч строк. Чтобы такого не было, удаляй старые, например. А вообще вряд ли столько накопится.
Индексы тут только усугубят ситуацию, потому что это не серебряная пуля, у них есть плюсы и минусы свои. Лишние индексы раздувают размер таблицы и тормозят вставку/обновление.
Вам хватит индекса на shown_table.user_id и items_table.item_id