Была в одном проекте у нас подобная проблема. Только у нас был mod_perl.
Апачи весили тоже много.
Так вот, мы взяли весь перловый код подгрузили в апач заранее прям в корневой процесс. Путём указания чего-то типа PerlRequire /path/to/script/with/all/includes.pl в конфиге апача.
И поскольку апач плодится форками, большинство занимаемой нашим перловым приложением памяти используется только один раз, а не по разу на каждый процесс апача.
Так что, если у Вас приложение php'шное живёт тоже в памяти апача, копайте в эту сторону.
