Pyden

Если кому интересно, нашел для себя вот такой вариант. Записывает с изменениями новый html.

file2 = open('new.html', "w+", encoding='utf-8')
file2.write(soup.prettify())
file2.close()

Все оказалось проще. Не root.remove(el) , а elem.remove(el). Заработался.
Вопрос решен.