Всё очень просто:
1) Загрузите систему через установочный CD / USB stick, это даст вам возможность удалить все разделы диска с помощью стандартного установщика Виндоуса.
2) Собственно, через установщик удалите все разделы диска.
3) Создайте новый раздел из unpartitioned space, установите Виндоус туда.
Всё готово, никаких дополнительных телодвижений и софта не требуется, диск будет свободным и установка 100% чистой. Никакого вреда системе не нанесёте.
